全基因組分析相關論文文獻

　　全基因組分析在農(nóng)作物、生物醫(yī)學領域應用是比較廣泛的，農(nóng)作物、生物基因研究人員晉升職稱會發(fā)表相關的論文，為此學術顧問在這里推薦了幾篇全基因組分析相關論文文獻，發(fā)表論文的人員可作為參考：

　　文獻一、滬農(nóng)靈芝1號全基因組分析和演化比較

　　摘要對"滬靈芝"(Ganoderma lucidum SH)等23個真菌物種進行全基因組系統(tǒng)發(fā)生分析,進一步選取其中具有代表性的物種進行比較基因組學分析。全基因組系統(tǒng)發(fā)生分析和分子鐘估計結(jié)果顯示,滬靈芝分化時間(8.75百萬年前)明顯晚于靈芝屬分化時間(180百萬年前);基因家族尺寸和直系同源基因數(shù)目分析顯示,與另外參試靈芝菌種相比滬靈芝基因家族具有一定的收縮趨勢;進一步對基因家族數(shù)目進行比較的結(jié)果顯示,滬靈芝逆轉(zhuǎn)錄酶家族發(fā)生了顯著擴增。GO功能分析提示滬靈芝逆轉(zhuǎn)錄酶家族的功能富集主要為核酸結(jié)合功能和酶的催化活性。

　　出處《食用菌學報》 CSCD 北大核心 2016年第2期1-5,19,共6頁

　　關鍵詞靈芝 全基因組分析 分子鐘 基因擴增 GO功能分析

　　文獻二、歐洲山楊bHLH轉(zhuǎn)錄因子家族全基因組分析

　　摘要為了研究歐洲山楊中bHLH轉(zhuǎn)錄因子家族成員的分類和進化,分析其在干旱脅迫應激中可能行使的功能,本研究利用多種生物信息學手段從全基因組水平鑒定和解析歐洲山楊bHLH轉(zhuǎn)錄因子,并對干旱脅迫下的歐洲山楊根部轉(zhuǎn)錄組進行分析.結(jié)果顯示,歐洲山楊的基因組中有167個bHLH轉(zhuǎn)錄因子家族蛋白.通過與擬南芥bHLH蛋白序列進行系統(tǒng)發(fā)育分析將其分為15個亞家族,并推測出39個PtbHLH的功能,這些功能表明bHLH轉(zhuǎn)錄因子家族涉及到歐洲山楊生長發(fā)育的多個生理過程.基因結(jié)構(gòu)和motif分析顯示,同一亞家族中幾乎所有的PtbHLH都有相似的外顯子/內(nèi)含子排布和蛋白質(zhì)motif結(jié)構(gòu).此外,利用RNA-seq數(shù)據(jù)分析干旱脅迫處理下PtbHLH基因的表達情況,篩選出4個潛在的bHLH抗旱蛋白.

　　關鍵詞歐洲山楊 BHLH 轉(zhuǎn)錄因子 全基因組分析

　　文獻三、貝萊斯芽孢桿菌Mr12預防蘋果輪紋病等病害的潛力及其全基因組分析

　　摘要【目的】探究新疆野蘋果內(nèi)生貝萊斯芽孢桿菌Mr12對多種植物病害的生防潛力,明確其抑菌活性物質(zhì)穩(wěn)定性、抑菌作用表現(xiàn)和抑菌物質(zhì)遺傳基礎,為生防制劑開發(fā)利用提供依據(jù)�！痉椒ā坎捎闷桨鍖χ欧�測定菌株Mr12對6種供試植物病原菌的抑制作用。以蘋果輪紋病菌(Botryosphaeria dothidea)為供試病原菌,測定Mr12無菌濾液抑菌穩(wěn)定性及無菌濾液對蘋果輪紋病菌孢子萌發(fā)和菌絲生長的影響;利用3代測序平臺Nanopore測定Mr12的全基因序列,通過BLASTX比對注釋所含基因,預測分析菌株Mr12抑菌作用的遺傳基礎�！窘Y(jié)果】菌株Mr12對6種供試植物病原菌均具有抑制作用,抑制率在55%~91%。該菌株無菌濾液在pH 4~10范圍內(nèi)抑菌活性穩(wěn)定,對酸堿的耐受范圍廣;對紫外線照射和蛋白酶K不敏感,80℃以內(nèi)具有較強的熱穩(wěn)定性。Mr12無菌濾液可使蘋果輪紋病菌菌絲膨大畸形,抑制菌絲生長和孢子萌發(fā)。通過全基因序列信息分析,發(fā)現(xiàn)Mr12含有合成difficidin、fengycin、bacillibactin、surfactin等多種肽聚糖和聚酮糖類抗性化合物的基因簇,以及能夠降解病原菌細胞壁的β-1,3-葡聚糖酶和幾丁質(zhì)酶相關的基因�！窘Y(jié)論】菌株Mr12對多種植物病原物具有廣譜拮抗作用,抑菌物質(zhì)穩(wěn)定性高,具有產(chǎn)生多種肽聚糖和聚酮糖類抗性化合物和細胞壁水解酶的能力。

　　關鍵詞蘋果 內(nèi)生細菌 抑菌廣譜性 貝萊斯芽孢桿菌 全基因組分析 抑菌穩(wěn)定性 抗菌機制

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